Las actividades urbanas e industriales, así como la deficiencia en el tratamiento de las aguas residuales por parte de las plantas existentes, son fuentes de contaminación que pueden ser conducidas al acuífero del río Tijuana vía las fuerzas naturales y la topografía que rigen a los sistemas hidrológicos. Actualmente, tanto el grado en que el acuífero es utilizado como fuente de abastecimiento, como la cantidad de las aguas residuales que son descargadas al mismo sin control, puede estar disminuyendo la calidad debido a vertimientos no recolectados ni tratados, cuya intensidad se desconoce. La calidad del agua puede afectar negativamente la salud humana, así como recursos naturales, suelo, mantos freáticos, vegetación y/o cultivos agrícolas. Dichos efectos negativos pueden exceder los límites permisibles de calidad de las descargas a cuerpos receptores y manifestarse en el nivel regional y aún internacional, dadas las características geográficas del acuífero. A fin de conocer los efectos debido a los volúmenes de descargas de agua residual no recolectadas ni tratadas que son infiltradas al acuífero, se realizó una investigación documental y experimental, con base en revisión de documentos relacionados con el tema, así como pruebas de laboratorio como análisis físicos, químicos y bacteriológicos, para la identificación de antecedentes sobre el problema del agua y confirmar la presencia de contaminantes criterio o característicos en la zona de estudio. El agua que se analizó proviene de pozos del acuífero que actualmente se utiliza para usos domésticos, comercial y de servicios, así como usos agrícolas. Se espera obtener un producto de investigación documental y experimental que contribuya a conocer las causas que dan origen a la contaminación en el acuífero, así como al uso seguro y racional del recurso, identificando cuáles condiciones de uso y manejo deben cumplirse para no transgredir los principios que gobiernan la recuperación de la calidad natural del agua. Los resultados obtenidos del presente estudio muestran que la calidad del agua del acuífero, se encuentra seriamente deteriorada, sobre todo por contaminación orgánica proveniente de aguas residuales no tratadas.