El Colegio de la Frontera Norte cuenta con dos sedes en la ciudad de Tijuana: una oficina ubicada en el bulevar Abelardo L. Rodríguez número 2925, Zona del Río, la cual funciona exclusivamente para tareas administrativas, y las instalaciones donde se lleva a cabo el trabajo académico y de investigación, localizadas en el kilómetro 18.5 de la carretera escénica Tijuana – Ensenada, en San Antonio del Mar.